Die Arbeit von Gemeinsam für Berlin hat sich in den Jahren seit der Entstehung ausgeweitet, das Netz der Beziehungen, Gemeinden und Projekte ist gewachsen. Deshalb wurde ab Februar 2007 durch die Bildung eines Geistlichen Beirats die geistliche Verantwortung auf mehr Schultern und Herzen verlagert. In ihm treffen sich an drei Klausurtagen im Jahr geistlich Verantwortliche aus verschiedenen Generationen, Konfessionen und Denominationen, Kulturen und Nationen. Sie nehmen geistliche Verantwortung vorrangig in Gebet und Beratung wahr.

Dem Geistlichen Beirat gehören außer dem Vorstand von GEMEINSAM FÜR BERLIN an:

Kerstin Hack, Verlag Down to Earth
Gerold Jäger, kath. Herz-Jesu-Gemeinde
Stefan Kraft, Evangelisch-methodistische Kirche Lankwitz
Reinhard Kubbutat, CVJM Berlin
Matthias Linke, Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde Kreuzberg
Peter Mansaray, Rat Afrikanischer Christen in Berlin und Brandenburg
Wolfhard Margies, Gemeinde auf dem Weg
Andrea Meyerhoff, Forum Islam
Renate Nehlsen, Forum Politik/Wirtschaft/Diplomatie
Beat Rieder, Die Heilsarmee
Winfried Rudloff, Christus-Gemeinde Hohenschönhausen
Aziz Sadaghiani, Iranische Gemeinde
Swen Schönheit, Ev. Apostel-Petrus-Gemeinde
Norbert Tews, F.B.G. - Firmengründungen nach biblischen Geschäftsprinzipien
Thomas Vollenweider, Kirche des Nazareners Rudow
Erhart Zeiser, Christuskirche Berlin/BFP